Phòng phẫu thuật có thể được phân thành năm loại sau dựa trên mức độ vô trùng hoặc không{0}}vô trùng trong quá trình phẫu thuật:
(1) Phòng mổ hạng I: Đây là những phòng mổ sạch sẽ, vô trùng, chủ yếu được sử dụng cho các ca phẫu thuật liên quan đến cấy ghép não, tim và nội tạng.
(2) Phòng mổ loại II: Đây là những phòng mổ vô trùng chủ yếu được sử dụng để cắt lách, nắn chỉnh mở và tái định vị các vết gãy kín, phẫu thuật nội nhãn và cắt tuyến giáp.
(3) Phòng mổ hạng III: Đây là phòng mổ vô trùng dùng cho các ca phẫu thuật liên quan đến dạ dày, túi mật, gan, ruột thừa, thận và phổi.
(4) Phòng mổ loại IV: Đây là những phòng mổ nhiễm khuẩn chủ yếu được sử dụng cho các ca phẫu thuật liên quan đến viêm phúc mạc ruột thừa thủng, áp xe lao, vết rạch và dẫn lưu áp xe.
(5) Phòng mổ hạng V: Đây là những phòng mổ nhiễm trùng đặc biệt chủ yếu được sử dụng cho các ca phẫu thuật liên quan đến nhiễm trùng như Pseudomonas aeruginosa, hoại tử khí Bacillus và Clostridium tetani.
Phòng mổ có thể được phân loại theo các chuyên khoa khác nhau, chẳng hạn như phẫu thuật tổng quát, chỉnh hình, sản phụ khoa, phẫu thuật thần kinh, phẫu thuật tim lồng ngực, tiết niệu, phẫu thuật bỏng và tai mũi họng. Vì các ca phẫu thuật ở mỗi chuyên khoa thường yêu cầu thiết bị và dụng cụ chuyên dụng nên phòng mổ cho các chuyên khoa này lý tưởng nhất là phải tương đối cố định.